負染色又稱陰染色，是相對于普通染色(稱正染色)而言。所謂負染，是指通過重金屬鹽加強樣品外周的電子密度，使樣品顯示負的反差，襯托出樣品的形態(tài)和大小。

　　在超薄切片的染色中，染色后的樣品結構的電子密度因染色而被加強，在圖像中呈現黑色，而背景因未被染色而呈光亮，這種染色稱為正染色。而在負染色中則相反，由于染液中某些電子密度高的物質(如重金屬鹽等)“包埋”低電子密度的樣品，結果在圖像中背景是黑暗的，而樣品像“透明”的光亮，兩著之間的反差正好相反，故稱為負染色。