代謝組學(xué)主要檢測平臺有 GC-MS、LC-MS 和 NMR。所有的樣品類型都可以用這 3 種平臺檢測，但目前 GC-MS、LC-MS 均能分析范圍很廣的代謝組分，因此兩者都是代謝組學(xué)研究分析中很重要的工具。

　　LC-MS 技術(shù)對待測組分的揮發(fā)性和熱穩(wěn)定性沒有要求，不需繁瑣的衍生化步驟，樣品前處理簡單，檢測溫度低，分離物質(zhì)快速、高效，LC 與 MS 高靈敏度、高專屬性的優(yōu)點結(jié)合，與 GC-MS 相比較可以鑒定更廣的物質(zhì)范圍，此特別適用于微量復(fù)雜混合物的分離和高通量研究，是目前代謝組學(xué)研究中最常用的分析技術(shù)。

　　GC-MS 技術(shù)氣相色譜是一項成熟的分析技術(shù)，GC 的高效分離結(jié)合 MS 的結(jié)構(gòu)鑒定功能，使 GC-MS 具有高精密度、靈敏度及耐用性，成為代謝組學(xué)研究的重要平臺之一。它與 LC-MS相比，優(yōu)勢在于可從標(biāo)準(zhǔn)譜圖庫中獲得化合物結(jié)構(gòu)信息，易對代謝物進(jìn)行定性。不足之處為對于不揮發(fā)性組分如生物體系中極性比較大的糖類、氨基酸等成分的分析，需要進(jìn)行衍生化才能得到較多的代謝組分信息。多種平臺可以同時使用，具體選擇哪種平臺需要根據(jù)研究目的具體分析。