1 、惡性腫瘤的診斷與鑒別診斷：比如肺腺癌與肺鱗癌的鑒別。TTF-1/P63 組合基本可以滿足對肺鱗癌和肺腺癌的鑒別。

　　2 、確定原發(fā)部位：確定轉(zhuǎn)移性惡性腫瘤的原發(fā)部位。比如確定肺原發(fā)性腺癌與轉(zhuǎn)移性腺癌一般而言，轉(zhuǎn)移到肺的腺癌以乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、子宮頸腺癌、子宮內(nèi)膜癌、結(jié)腸腺癌及間皮瘤多見，通常轉(zhuǎn)移瘤與原發(fā)瘤具有共同的抗原表達(dá)。

　　3、 病理分型：對某類腫瘤進(jìn)行進(jìn)一步的病理分型。比如乳腺癌病理分型，通過ER、PR、HER-2、Ki-67表達(dá)情況來細(xì)分。

　　4 、軟組織腫瘤分類：軟組織腫瘤的治療一般需根據(jù)正確的組織學(xué)分類，因其種類多、組織形態(tài)相像，有時(shí)難以區(qū)分其組織來源，應(yīng)用多種標(biāo)志進(jìn)行免疫組化研究對軟組織腫瘤的診斷是不可缺少的。

　　5 、微小轉(zhuǎn)移灶：發(fā)現(xiàn)微小轉(zhuǎn)移灶，有助于臨床治療方案的確定，包括手術(shù)范圍的確定。比如應(yīng)用上皮細(xì)胞相關(guān)抗(CK/EMA/CEA等)檢測淋巴結(jié)、骨髓內(nèi)的微小轉(zhuǎn)移性癌細(xì)胞。

　　6、為臨床提供治療方案的選擇：比如ALK 在非小細(xì)胞肺癌中的應(yīng)用，指導(dǎo)靶向藥物的使用。